Postdoc Position on Developing Analytical Pipelines and Analyses to Survey Invasive Alien Species in Aquatic Systems using eDNA (2 years)

• 10 juillet 2026 • 100% • Poste permanent • Dübendorf Eawag, l'Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques, est un institut de recherche aquatique à réseau international au sein du domaine des EPF (Instituts fédéraux suisses de technologie). Eawag mène des recherches, une éducation et des consultations d'experts pour atteindre les deux objectifs de répondre aux besoins humains directs en eau et de maintenir la fonction et l'intégrité des écosystèmes aquatiques. Postdoc Position on Developing Analytical Pipelines and Analyses to Survey Invasive Alien Species in Aquatic Systems using eDNA (2 years)# Le laboratoire Altermatt au Département d'écologie aquatique d'Eawag et le Département de biologie de l'évolution et d'études environnementales (IEU) de l'Université de Zurich ont un poste vacant pour un Les espèces envahissantes non indigènes (IAS) sont à l'échelle mondiale et nationale un facteur principal de perte de biodiversité. Les IAS peuvent être trouvées dans tous les écosystèmes, mais sont particulièrement répandues et problématiques dans les écosystèmes aquatiques, car leur gestion et leur contrôle, une fois établis, sont très difficiles ou même impossibles. Par conséquent, la prévention et l'alerte précoce sont essentielles, et les deux dépendent de la surveillance et de la surveillance. L'ADN environnemental (eDNA) émerge comme un outil approprié pour la surveillance spatiale et temporelle et la reconnaissance précoce de l'arrivée et de l'établissement des IAS, mais la généralisation, la robustesse et la mise en œuvre sont encore en cours de développement. Dans ce projet Postdoc, vous établirez et développerez des pipelines analytiques pour analyser et surveiller les espèces envahissantes non indigènes en utilisant les jeux de données eDNA existants. L'accent initial sera mis sur les IAS en Europe centrale/Suisse, mais les pipelines devraient être évolutifs à travers l'Europe et au-delà. Les contributions et les idées personnelles sont explicitement encouragées et une grande liberté intellectuelle pour façonner le projet est fournie. Le projet implique : i) l'établissement de bases de données de référence pour les analyses de metabarcoding des IAS (basées sur la littérature / extraction de données à travers plusieurs marqueurs / groupes taxonomiques) ; ii) développer des pipelines analytiques semi-automatisés de bout en bout pour les analyses de metabarcoding de l'eDNA en ce qui concerne la surveillance et la détection des IAS, permettant l'analyse autonome des signaux des IAS dans les ensembles de données de metabarcoding de l'eDNA et fournissant des mesures de confiance des détections des IAS ; iii) tester et appliquer ces pipelines sur les ensembles de données eDNA aquatiques existants (poissons et invertébrés), en s'appuyant sur des séries chronologiques eDNA à haute résolution et 250 sites de surveillance de routine à travers la Suisse. Le projet est entièrement financé et est lié à l'initiative NRP82 - Smart Monitoring of Swiss Waters (FutureProof) et à une subvention de recherche du Bureau fédéral suisse de l'environnement (BAFU/FOEN). Les résultats du projet doivent être publiés dans des revues à comité de lecture de premier plan, suivre les principes FAIR et également donner lieu à des outils d'application prêts à l'emploi en étroite collaboration avec les parties prenantes. Le poste est à pourvoir avec un candidat motivé capable de prendre un rôle de leader dans l'analyse de données avancée et la programmation, avec un accent sur l'évaluation des IAS dans les systèmes d'eau douce en utilisant les ensembles de données eDNA. Pour postuler, vous devez avoir un diplôme de doctorat en écologie moléculaire, bioinformatique, biodiversité ou sciences des données, ou un domaine scientifique étroitement lié. Vous devriez avoir une expérience antérieure en bioinformatique et en analyses de données de metabarcoding de l'eDNA, ainsi que des connaissances sur l'analyse de données de biodiversité / IAS. Une expérience générale en programmation et en analyse de données est attendue. Une solide formation conceptuelle en écologie moléculaire / écologie d'eau douce et une bonne compréhension de la théorie écologique sont un atout. Un intérêt démontré pour la science ouverte et reproductible (par exemple, principes FAIR, expérience avec des outils de versionning) est un avantage. La langue de travail dans les groupes est l'anglais. La maîtrise de l'anglais parlé et écrit est requise. Des compétences linguistiques supplémentaires en allemand ou en français pour les interactions avec les parties prenantes sont utiles. Le projet est dirigé par le prof. Dr Florian Altermatt à l'Université de Zurich et à Eawag. Le candidat retenu sera basé et embauché dans le groupe du prof. Dr Florian Altermatt (www.altermattlab.ch) à l'Université de Zurich et à Eawag (Dübendorf, Suisse). Le projet permet des collaborations avec des parties prenantes nationales/cantonales. Le poste est entièrement financé pour deux ans et devrait commencer au quatrième trimestre 2026 ou au premier trimestre 2027. Nous recherchons une personne très motivée, enthousiaste et indépendante avec une passion pour la science et la mise en œuvre. À Eawag, nous avons un environnement de travail dans lequel les personnes avec différentes expériences, forces et perspectives peuvent pleinement contribuer et se développer. Ici, vous pouvez nous aider à avancer ! Nous promouvons une participation authentique, un échange et une compréhension mutuelle. Nous créons des structures qui permettent la compatibilité du travail et d'autres domaines de la vie, tels que le travail de soins, et nous faisons continuellement des efforts pour réduire les barrières. Avez-vous des exigences spécifiques concernant le processus de candidature ou le poste, ou avez-vous besoin d'informations supplémentaires ? Parlez-nous-en, nous serons ravis de vous soutenir avec des solutions de lieu de travail flexible, d'heures de travail et d