Bioinformaticien

Berne, 80 - 100 %

*Le Clinical Genomics Lab interdisciplinaire (http://www.cgl.insel.ch) réunit les diagnostics génomiques et cytogénétiques en génétique humaine, en hématologie et en chimie clinique à l'Inselspital, Bern University Hospital, ainsi qu'à l'Institute of Tissue Medicine and Pathology de l'University of Bern. En utilisant des technologies de pointe, nous étudions les maladies héréditaires, les altérations génétiques dans les cellules cancéreuses et les réponses aux médicaments.

Pour renforcer notre équipe, nous recherchons un bioinformaticien motivé et désireux d'apprendre. En travaillant étroitement avec des spécialistes de diverses disciplines, vous contribuerez aux diagnostics cliniques de routine par séquençage de nouvelle génération (NGS) ainsi qu'au développement et à la mise en œuvre de nouvelles méthodes analytiques. Vous assumerez progressivement la responsabilité du développement, de la validation, de la maintenance et de l'amélioration continue des flux de travail NGS cliniques.*

Ce que vous pouvez attendre ##

• Développement, validation, maintenance et dépannage des flux de travail NGS cliniques pour des panels ciblés, WES et WGS - du variant calling et de l'annotation au contrôle de la qualité et au transfert de données
• Automatisation et optimisation de flux de travail bioinformatiques reproductibles à l'aide de scripts, de systèmes de gestion de flux de travail et d'environnements conteneurisés
• Développement et maintenance de bases de données, de mesures de qualité et d'outils de surveillance pour les performances de séquençage, les flux de travail et les métadonnées
• Développement ultérieur d'applications et d'interfaces utilisateur facilitant l'accès aux données de séquençage, aux mesures de qualité et aux annotations de variants
• Intégration et optimisation des flux de travail de laboratoire dans sLIMS et garantie de l'échange de données entre les systèmes de laboratoire, les instruments et les pipelines bioinformatiques en étroite collaboration interdisciplinaire

Votre profil ##

• Master en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou un domaine connexe, ou une expérience pratique équivalente
• Bonnes connaissances pratiques de Python, Linux et du scripting shell ainsi qu'une compréhension de base du séquençage à haut débit et des flux de travail d'analyse associés
• Appréciation des défis techniques complexes et une méthode de travail structurée, fiable et indépendante
• Désir d'apprendre et motivation à développer davantage votre expertise en bioinformatique clinique et en ingénierie de flux de travail NGS
• Bonnes compétences en communication et en travail d'équipe ainsi qu'une bonne maîtrise de l'allemand et de l'anglais
• Un avantage : expérience avec SQL, Nextflow, Snakemake, environnements HPC, outils d'analyse NGS, Java ou Groovy, flux de travail de diagnostic clinique, Docker ou Singularity

Ce que nous offrons ##

• Un travail significatif qui contribue directement aux soins des patients dans le domaine croissant de la médecine de précision
• L'opportunité de travailler avec des technologies de pointe dans un environnement clinique professionnel avec des normes de qualité élevées
• Une équipe interdisciplinaire et dynamique avec une culture ouverte et collaborative
• Un onboarding structuré, un accompagnement professionnel et des opportunités de proposer de nouvelles idées et de se développer personnellement et professionnellement

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Lieu Inselspital, Universitätsspital

Organisation

Clinical Genomics Lab, Medical division cross-sectional service provider

Charge de travail

80 - 100 %

Début

Disponible immédiatement ou par arrangement

Référence

19581

Type de contrat

Emploi permanent

Lieu de travail

Inselspital, Universitätsspital Bern
Freiburgstrasse, CH-3010 Bern
Schweiz